Hemos tenido varios inconvenientes después de la instalación del ESB Toolkit 2.0, cuando trabajamos en la misma maquina en otros desarrollo que utilizan Enterprise Library 4.1 estos no funcionan, existen discusiones en el foro si la forma de implementar ESB con el Enterprise Library Toolkit se realizó de manera correcta, yo estoy de acuerdo con la implementación realizada debido a que diferentes componentes a los de BizTalk tienen que acceder a la configuración de ESB. Cuando debemos trabajar con otras aplicaciones lo que hacemos es ir al machine.config y comentariar estas líneas:

<section name="enterpriseLibrary.ConfigurationSource"
 type="Microsoft.Practices.EnterpriseLibrary.Common.
Configuration.ConfigurationSourceSection, 
Microsoft.Practices.EnterpriseLibrary.Common,
 Version=4.1.0.0, Culture=neutral,
 PublicKeyToken=31bf3856ad364e35"/>

<enterpriseLibrary.ConfigurationSource
 selectedSource="ESB File Configuration Source">
        <sources>
            <add name="ESB File Configuration Source" 
type="Microsoft.Practices.EnterpriseLibrary.Common.
Configuration.FileConfigurationSource,
 Microsoft.Practices.EnterpriseLibrary.Common, 
Version=4.1.0.0,Culture=neutral, 
PublicKeyToken=31bf3856ad364e35" 
filePath="C:\Program Files\Microsoft BizTalk ESB Toolkit 2.0\esb.config"/>
            <add name="ESB SSO Configuration Source" 
type="Microsoft.Practices.ESB.SSOConfigurationProvider.SSOConfigurationSource,
 Microsoft.Practices.ESB.SSOConfigurationProvider,
 Version=2.0.0.0, Culture=neutral, 
PublicKeyToken=31bf3856ad364e35" 
applicationName="" description="Configuration Data"
 contactInfo="" userGroupName="" adminGroupName=""/>                
        </sources>
    </enterpriseLibrary.ConfigurationSource>

.csharpcode, .csharpcode pre
{
font-size: small;
color: black;
font-family: consolas, “Courier New”, courier, monospace;
background-color: #ffffff;
/*white-space: pre;*/
}
.csharpcode pre { margin: 0em; }
.csharpcode .rem { color: #008000; }
.csharpcode .kwrd { color: #0000ff; }
.csharpcode .str { color: #006080; }
.csharpcode .op { color: #0000c0; }
.csharpcode .preproc { color: #cc6633; }
.csharpcode .asp { background-color: #ffff00; }
.csharpcode .html { color: #800000; }
.csharpcode .attr { color: #ff0000; }
.csharpcode .alt
{
background-color: #f4f4f4;
width: 100%;
margin: 0em;
}
.csharpcode .lnum { color: #606060; }

 

Sin en la misma maquina tenemos que trabajar con ESB Toolkit 2.0 y con la aplicación que use Enterprise Library lo que tenemos que hacer es comentariar las líneas pero en el web.config o app.config de la aplicación, Aquí pueden ver la discusión:

http://social.msdn.microsoft.com/Forums/en-US/biztalkesb/thread/46c011b4-092f-40ab-8743-cd1edf02c56f