Cuando necesitamos realizar debug en una solución compuesta por proyectos WinRT y WinJs, nos encontramos con situaciones en las que necesitamos validar de forma detallada el código contenido en esta y su funcionalidad. Sin embargo con la configuración inicial con la que Visual Studio crea el proyecto WinJs esto no es posible. 
Para solucionar esto, desde el proyecto WinJs, que generalmente es la capa de presentación de nuestra aplicación, ingresamos a propiedades, vamos a la opción debugging, y en la propiedad Debugger Type cambiamos el valor Script Only a Mixed.
Con esto es suficiente para realizar debug al código de los proyectos WinRT referenciados desde WinJS
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